Ejiofor dilahirkan di Forest Gate, London kepada ibu bapa berketurunan Nigeria.[9] Bapanya, Arinze adalah seorang doktor dan ibunya, Obiajulu adalah seorang ahli farmasi. Adik perempuannya adalah wartawan CNN, Zain Asher.

Pada tahun 1988, ketika Ejiofor berumur 11 tahun, semasa lawatan keluarganya ke Nigeria untuk menghadiri perkahwinan, bapanya sedang memandu ke Lagos apabila kereta mereka terlibat dalam kemalangan dengan sebuah lori. Bapanya terbunuh tetapi Ejiofor terselamat. Beliau cedera parah dan menerima parut yang masih boleh dilihat pada dahinya.[10] Ejiofor mula berlakon dalam lakonan pentas sekolah ketika berumur empat belas tahun di Kolej Dulwich dan menyertai Teater Belia Negara. Beliau memasuki London Academy of Music and Dramatic Art tetapi terpaksa meninggalkan semasa tahun pertamanya selepas dipilih ke dalam filem Steven Spielberg, Amistad. Beliau berlakon dalam Othello di Teater Bloomsbury pada bulan September 1995 dan sekali lagi di Theatre Royal, Glasgow pada tahun 1996, apabila beliau membintangi bertentangan Rachael Stirling sebagai Desdemona.